Kuppet skjedde etter at presidenten sammen en rekke sosiale organisasjoner har startet en prosess for en grunnlovgivende forsamling i landet. En rekke land, EU og FN fordømmer kuppet.
Presidenten ble i hemmelighet sendt til Costa Rica, hvor han deretter tok seg til Nicaragua. Militæret bortførte også utenriksminister Patricia Rodas, samt den venezuelanske og cubanske ambassadøren. Mens militæret gjennomførte tiltak for å sikre seg kontroll i landet, erklærte den honduranske nasjonalforsamlingen presidenten for nasjonalforsamlingen, Roberto Micheletti Bain, som den nye honduranske presidenten. Videre fulgte strømkutt i hovedstaden og flere deler av landet, 48 timers portforbud og forfølgelse av organisasjoner, funksjonærer og diplomater som støtter president Zelaya. Alt tyder på at det militære statskuppet mot den folkevalgte presidenten i Honduras var nøye planlagt og regisert av det honduranske militæret i samarbeid med makteliten i landet som også dominerer landets nasjonalforsamling.
Opptrappingen til statskuppet
Den honduranske utenriksministeren Patricia Rodas bekreftet natt til torsdag 25. juni at president Zelaya hadde avskjediget General Romeo Vásquez, forsvarssjefen i Honduras. Bakgrunnen for avskjedigelsen var at generalen hadde nektet å distribuere valgmateriale for en ikke-bindende rådgivende meningsmåling om den honduranske befolkningens holdning til å tilføye en «fjerde valgurne» ved valget i november 2009. Den fjerde valgurnen skulle dreie seg om hvorvidt folket i Honduras ønsker å danne en folkevalgt grunnlovgivende forsamling.
Dagens grunnlov ble vedtatt i 1982, og i følge grunnloven er nettop militæret ansvarlig for å overvåke, distribuere og transportere offentlige valgmateriale rundt i landet. Landets forsvarsminister, Ángel Edmundo Orellana, leverte sitt oppsigelsesbrev til Zelaya som en protest mot Vasquez avskjedigelse. Som følge av dette leverte flere offiserer oppsigelsesbrev i solidaritet med Orellana og Vásquez, noe som førte til at ryktene om et mulig statskupp raskt spredte seg.
Grunnlovsstriden og folkelig konsultasjon
Artikkel 5 i den honduranske "Loven om folkelig deltakelse" fra 2006 slår fast at «alle statsmaktene kan rådføre seg med sivilsamfunnet generelt, innbyggerne i en kommune, by eller tettsted, foreninger, lag eller organiserte samfunnsgrupper, som kan uttrykke meninger og formulere forslag til hvordan løse samfunnsproblemer. Resultatene er ikke-bindende, men representerer elementer som den innkallende myndighet kan ta i betrakting for å utforme sin politikk".
Den honduranske grunnloven kan endres med to-tredjedels flertall i landets nasjonalforsamling, i følge grunnlovsartikkel 373. Samtidig slår artikkel 374 fast at det ikke er mulig å reformere artikler som angår styresettet, landets grenser, presidentperioder og muligheten for å bli gjenvalgt som president. Grunnlovsartikkel 5 slår videre fast at det ikke er mulig å innkalle til bindende folkeavstemninger angående reformer av artikkel 374. Imidlertid sier grunnloven ingenting angående dannelsen av en grunnlovgivende forsamling som kan omskrive den honduranske grunnloven.
General Vázquez argumenterte med at han forsøkte å forsvare artikkel 5 og 374 i den honduranske grunnloven. Meningsmålingen var imidlertid ikke en bindende folkeavstemning og det dreide seg altså ikke om å reformere artikkel 374 i grunnloven. Det dreide seg om en meningsmåling om mulighet for dannelsen av en grunnlovsgivende forsamling i henhold til artikkel 5 i "Loven om folkelig deltakelse" fra 2006. Dette utløste konflikten mellom presidenten og militæret, noe som førte til at presidenten innkalte til et møte med Honduras ambassadør i Organisasjonen for amerikanske stater (OAS), og advarte om at landets rettsregler var i fare. Tre dager etter ble presidenten bortført fra sitt hjem.
Preisdent Manuel Zelaya gjennomfører nå en offisiell reise til Managua, til tross for at nasjonalforsamlingen har erklært Roberto Micheletti Bain som den nye honduranske presidenten. Der deltar han som den honduranske presidenten i et krisemøte med øvrige representanter fra ALBA, Det bolivarianske alternativet for Latin-Amerika, et politisk og økonomisk samarbeid mellom flere latinamerikanske land med progressive regjeringer. Trolig er ALBA-samarbeidet også en av årsakene til statskuppet. Manuel «Mel» Zelaya har gjennomført flere omfordelingstiltak, oppfordret til organisering på grasrotnivå og priroitert ALBA fremfor utelukkende å videreføre de historisk tette båndene til USA. Dette skal ha opprørt landets økonomiske elite.
Grunnlovsbruddene fra militæret og kongressen
Det honduranske militæret har historisk spilt en sentral rolle i honduransk politikk. Militæret overlot makten til sivile i 1981, men bare etter sterkt press fra USA som ønsket å sikre trofaste sivile regjeringer i Mellom-Amerika. I henhold til den amerikanske kontrarevolusjonære politikken fra 1980-tallet ville dette redusere sannsynligheten for flere venstreorienterte revolusjoner slik som den nicaraguanske Sandinist-revolusjonen i 1979. Kort tid etter, i 1982, ble den nåværende honduranske grunnloven vedtatt, en grunnlov som har blitt reformert 22 ganger.
Honduras spilte en avgjørende rolle i USAs kontrarevolusjonære politikk på 1980-tallet. Landet ble brukt som militærbase for å støtte den salvadoranske hæren i krigen mot FMLN-geriljaen (Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional) og for å støtte angrep mot den nicaraguanske befolkningen og Sandinist-regjeringen. Den honduranske hæren har også stått for brudd på menneskerettigheter mot sivile flyktninger fra både El Salvador og Nicaragua. Honduras er imidlertid det eneste landet i området som var direkte involvert i de mellom-amerikanske krigene, men som ikke har gjennomgått en mer omfattende freds- og forsoningsprosess i ettertid med en reduksjon av militære.
Artikkel 272 og 245 i den honduranske grunnloven spesifiserer at de honduranske væpnede styrker er "en profesjonell, apolitisk, lydig og ikke-rådgivende myndighet, som svarer til den øverstkommanderende presidenten i republikken". Videre er de væpnede styrker forpliktet til å forsvare "republikkens integritet og suverenitet, samt fred, ro og orden i følge rettsreglene grunnloven fastsetter". Dette innebærer "frie valg og alternering i landets presidentembet". Den honduranske grunnloven forplikter samtidig de honduranske væpnede styrker til "forvaring, transport og overvåkning av valgmateriale og sikkerhetsspørsmål som angår valgprosessen etter retningslinjene spesifisert av landets valgnemnd".
Statskuppet utført av honduranske væpnede styrker (FFAAH) og landets nasjonalforsamling bryter flere paragrafer i den honduranske grunnloven, selv om disse institusjonene påstår å forsvare artikkel 5 og 374. President Zelaya mener meningsmålingen han ville gjennomføre aldri har satt grunnloven i fare.
Sivile grasrotorganisasjoner støttet konsultasjonssinitiativet. Fredag 26.juni gikk tusenvis av medlemmer fra fagforeninger og sosiale bevegelser ut i gata sammen med Zelaya som støtte til gjennomføring av konsultasjonen. Etter statskuppet befinner disse seg i en vanskelig situasjon. De militære styrkene har gjennomført razzia i organisasjoners kontorer, og beslaglagt datamaskiner og kommunikasjonsutstyr. Flere sosiale ledere har arrestordre og har måttet flykte.
I følge LAGS kontakter i området befinner medlemmene i den nasjonale organisasjonen Copinh seg på flukt etter at organisasjonens radio ble beslaglagt av militære. De har tatt med seg valgurnene i et forsøk på å bevare stemmeseddlene som sivilsamfunnet rakk å avgi. Det er ikke lenger mulig for omverdenen å oppnå kontakt med Copinh, eller flere andre sosiale organisasjoner, som etter strømkuttet lenge opprettholdt kommunikasjon via strømagregater. Da det som ligner en uerklært unntakstilstand blant annet innebærer forbud mot salg av bensin og diesel, er disse agregatene nå satt ut av drift. Internasjonale mediers signaler har blitt kuttet inn til landet, og de nasjonale TV-kanalene sender såpeoperaer i stedet for nyheter.
Historien ser ut til å gjenta seg i Latin Amerika med statskupp mot en demokratisk valgt president. Organisasjonene for Amerikanske stater (OAS), FN, EU og ALBA-landene har fordømt statskuppet. USA har ikke vedkjent at det har skjedd et statskupp, men har kommet med vage erklæringer om at de fordømmer «aksjonene mot Zelaya» og at de anser Zelaya som landets president. Rio gruppen skal møtes mandag for å behandle saken, og Chiles president og president for UNASUR har meldt om en kommende erklæring fra de sør-amerikanske landene.
Den aktuelle grunnloven i Honduras, skrevet i 1982 under den kalde krigen og støttet av Reagen-regjeringen, begrenser folkelig deltakelse i politiske anliggender. Den foreslått konsultasjonen for søndag skulle være den første deltakende prosessen i landets historie, en indikasjon på at Honduras var på vei til å bygge opp et mer deltakende demokrati.