Privatisering og protest
Fra midten av 1860-åra bestemte regjeringa seg for å satse på kaffedyrking. De avskaffa indianske fellesområder, solgte statlige jordeiendommer til private kaffeprodusenter, og gjorde slik en større del av bøndene til eiendomsløse landarbeidere som jobba på de store gårdene. Kaffeproduksjon ble landets viktigste industri og sto for cirka 90 prosent av landets inntekter. De som eide jorda kontrollerte også militæret og politikerne, og kunne dermed føre den politikken de ville. Bøndene og landarbeiderne protesterte fra tidlig av og krevde jordreformer, noe som ble slått hardt ned på av militæret.
Opprør og massakre
Ettersom motstanden økte utover 1920-tallet ble det stor oppslutning om den ledende kommunisten, Farabundo Martí, blant landets fattige. I 1929 gikk den økonomiske krisa sterkt utover det salvadoranske folket. Siden økonomien var nesten fullstendig bundet opp til kaffe ble lønningene halvert og det ble hungersnød da kaffeprisen sank. Bøndene og landarbeiderne hadde lenge protestert mot monokulturen i landbruket. I 1931 hadde sosialdemokraten Arturo Araujo vunnet valget, og det var dermed han som meglet mellom landarbeiderne og eliten. Det gikk ikke særlig bra. Han ble fjerna i et kupp, og kuppmakerne skulle gjenopprette ro og orden ved å forsterke kontrollen over landarbeiderne.
22. januar 1932 stormet bønder og landarbeidere storgodsene ved Izalco-vulkanen, i det som blir kalt Izalco-opprøret. Hæren gikk inn og massakrerte på noen dager mellom ti og tredve tusen bønder. Opprørstrangen var størst blant de fattige, som indianere utgjorde en stor del av. For regjerninga ble fattig og indianer synonymt med potensiell opprører, og potensielle opprørere ble drept. Farabundo Martí ble henrettet som ansvarlig for opprøret, og er nå en politisk helt blant landets venstreside. Hans navn samlet femti år senere de ulike geriljabevegelsene til Farabundo Martís front for Nasjonal Frigjøring (FMLN).
Metoder for å hindre endring
Etter Izalco-opprøret konkluderte eliten med at demokratiske valg bare skapte kaos, og militarisering ble derfor mer populært enn demokrati. Små reformer for å lette forholda blant de fattige var svært upopulære hos eliten, og førte til «sosial uro» blant en befolkning som hadde mange reformer de ønsket å gjennomføre. Når ulike regjeringer fikk ideer om å roe ned befolkningen, ved å gi etter for slike små reformer, ble den ene regjeringa etter den andre kuppa av militæret, som også var kontrollert av eliten. Til slutt sto en igjen med et militærregime som beskytta eliten mot indre uroelementer ved bruk av såkalte dødskvadroner, en forlengelse av hæren. Men den harde fronten mot den kommunistiske trusselen så ikke ut til å fungere. Opprørsbevegelsene vokste og gikk til stadige motangrep.
I 1959 ble det gjort revolusjon på Cuba, og som reaksjon på dette, for å hindre at revolusjonen spredde seg, satte USA i gang bistandsprosjekter som Alliance for Progress. Regjeringsoverhodene i El Salvador kledde seg i arbeidsklær for å signalisere nærhet til arbeiderne og bøndene, og proklamerte sosiale endringer. I virkeligheten favoriserte reformene de rike. Regjeringene fortsatte å ivareta elitens interesser, og reell endring uteble.
Fronten samler seg
Stadig flere vendte seg til den revolusjonære kampen etter å ha sett at de skiftende regjeringene, enten de var kristendemokratiske, høyrevendte eller reformistiske, støtta elitens interesser i stedet for deres. Fra 1970 begynte væpna geriljabevegelser å organisere seg, samtidig ble det prøvd på reformer. Et eksempel var en landreform i 1976 som ga 61.000 hektar brakklagt land til landløse. Eliten truet med kupp dersom programmet fortsatte, noe som raskt fikk den stoppet. Mange i den katolske kirka stilte seg på de fattiges side, noe som resulterte i forfølgelse av de aktive i kirkesamfunnene. Samtidig ble ikke-voldelige protester slått ned på med vold, noe som førte til at flere grupperinger støtta opp om den væpna motstanden. Samfunnet ble mer og mer polarisert: enten støtta du geriljaen eller militæret.
I 1979 tok sandinistene makta i Nicaragua. Dette gjorde militæret og eliten i El Salvador klar over at de kunne være de neste som mista alt, og motstandsbevegelsen oppmerksomme på at de kunne være de neste som tok makta. I landsbyen Cinquera ble den første kvinnelige martyren, 16 år gamle Aida Escalante, drept i 1980 fordi hun sa til en konservativ prest som støttet styresmaktene: «Du prater som en undertrykker». Etterpå fikk hun øra, nesa, tunga og brystene skjært av, og øynene stukket ut, før hun ble drept med én pinne gjennom bakhodet og en annen stukket opp i vagina. Volden hadde siden 1975 steget ekstremt, og flere og flere ble tvunget til enten å flykte opp i fjellene for å bli med i geriljaen, eller å dra til andre områder eller flyktningleire.
I 1980 ble også den populære erkebiskopen Romero drept av dødsskvadronene, trolig etter ordre fra Robert D’Aubuission «dødsskvadronenes far», og grunnlegger av høyrepartiet Arena. Samme år samla de fem største geriljabevegelser seg til allerede nevnte FMLN. Som et resultat av de store klasseskillene, de stadig forverra kåra for bøndene og arbeiderne, og at motstandsbevegelsen organiserte og samla seg var krigen et faktum.