24. mars 1980 ble "folkets" erkebiskop Oscar Romero drept under en messe avholdt i hovedstaden. Mindre enn et år etter var borgerkrigen et faktum. FMLN (Farabundo Martí para la Liberación Nacional) startet sin væpna kamp mot regjeringa 10. januar 1981. Raskt overtok de kontrollen over El Salvadors østlige og nordlige deler. Deretter forsøkte geriljaen å "fryse" landets økonomi ved å ødelegge broer og kaffeplantasjer.
Militæret svarte med å angripe landsbyer og drepe innbyggerne. Blant de mest beryktede episodene var massakren mot landsbyen El Mozote, der 900 mennesker, også barn, ble drept.
Dødsskvadroner
I 1982 startet lederen for høyreparitet ARENA, Major Roberto d’Aubussion, dødsskvadroner som hadde til oppgave å eliminere folk i opposisjonen og i fagforeningene. Tusenvis av mennesker ble drept.
I 1989 iverksatte FMLN en storoffensiv mot hovedstaden San Salvador, men mislyktes. Likevel ga den støtet til fredsforhandlinger mellom regjeringen og geriljaen, med FN i meklerrollen. 16. januar 1992 underskrev partene fredsavtalen.